Cartographie optique du génome pour le pronostic des hémopathies malignes et l'identification de nouvelles altérations génomiques
Porté par le Service d'onco-hématologie et cytogénétique - Hôpital Paul Brousse -INSERM U1310, l'objectif du projet est de mettre en place le BIONANO Genomics et développer la Cartographie Optique du Génome pour l’analyse des anomalies génétiques des Myélodysplasies/LAM et LMC suivis par le service oncohématologie moléculaire et cytogénétique du GHU Saclay et pour l'étude génomique des modèles de LAM développés dans l’unité UMRS 1310 à partir d’iPSC de LMC avec instabilité génomique
Le BIONANO Genomics est une nouvelle technologie qui permet le profilage des variants structurels à haute résolution et variants nucléotidiques uniques (SNV) par cartographie optique du génome (OGM).
Cette technologie semble être très prometteuse et les premières études ont démontré son potentiel dans le diagnostic cytogénétique des hémopathies malignes, ouvrant la voie à l’identification de nouveaux acteurs clés dans la pathogenèse des SMD/LAM.
L'utilité clinique de l'OGM a été montré essentiellement dans les MDS/LAM. L'OGM a été confronté à plusieurs méthodes d'analyse, notamment le caryotype, et l'hybridation in situ par fluorescence (FISH), associé à un panel NGS de 81 gènes dans une première cohorte de 101 patients atteints de SMD provenant d’un seul centre (MD Anderson, USA) (Yang et coll). En plus de conduire à la reclassification du risque pronostique, les résultats ont montré que l’OGM détectait des variantes pathogènes supplémentaires non retrouvés chez 13% des sujets par les techniques traditionnelles. L’étude a également évalué l'utilité de combiner la Cartographie optique du génome et le NGS. La combinaison des analyses génomiques sur les mêmes sujets atteints de SMD a permis la détection d’au moins une anomalie clonale cliniquement significative dans 97 cas sur 101.
L'installation du BIONANO Genomics dans le service hospitalier permettra une validation de la technique pour un transfert des analyses en routine : La notion de complexité cytogénétique à l'ère de cette technologie sera à redéfinir ainsi que de nouveaux scores pronostiques intégrant les données de la cartographie optique du génome (OGM) avec les mutations détectées par NGS, pour une meilleure prise en charge des patients.
